重庆南开中学校旗为长方形，以校色紫色为底，白色为图案。左上角为校徽，邓颖超手书的“重庆南开中学”校名列布于校旗中央，庄重大气。校旗是南开精神的集中展现，每当学校有重大活动时就会升起紫白校旗，让南开精神高高飘扬。

重庆南开中学校旗在南极昆仑站

2017年，在重庆南开中学高1960级校友颜其德的安排下，重庆南开中学校旗“插”到南极、北极，跨越南北极总行程134000千米，最后回到学校。作为中国首次南极越冬考察队队长的颜其德，长期从事海洋调查、极地考察与科研工作，7次赴世界三大洋、南北极考察，积累了丰富的极地科考经验并留存大量珍贵资料，见证了我国极地科考事业从无到有、从小到大、从大到强的跨越式发展历程，是南开校友中报效祖国、服务人民、贡献社会的杰出代表。

重庆南开中学校旗在南极长城站

重庆南开中学校旗在北冰洋浮冰考察站