重庆南开中学校徽的核心图像为八角形，它既是南开学校校标的原始形态，也是其核心形态。八角星形由两个正方形叠加、结合而成，八个角皆为直角，分别指向东、西、南、北、东南、东北、西南、西北八个方向。一是体现“方方正正做人”之意，二是体现南开人“面向四面八方，胸怀博大，广纳新知，锐意进取”之精神。八角星形方圆互动，融合东西，体现了南开中学“智圆行方”的入世哲学、“追求卓越”的立世哲学和“允公允能”的济世哲学。

校徽中的“南开”二字凝练厚重，而弧形排列的“CHONGQING NANKAI SECONDARY SCHOOL”简约明快，表征了南开中学是一所历史悠久、面向世界的著名学校，图标下部以“1936”具体说明重庆南开中学的创建时间。