2016年12月31日，重庆市文物局就重庆市人民政府公布确认的“重庆市文物保护单位”——“南开中学近代建筑群”予以立牌标志。此次立牌的“南开中学近代建筑群”共包含四处，均系建于1936年的、位于重庆南开中学校园内的建筑体，分别是津南村、图书馆、运动场、水塔。
津南村：津南村位于学校西北角，为1936年建成的教工宿舍，以“天津南开”意命名。有16栋建筑，均为北方四合院形式，总建筑面积为3781平方米。民国时期，张伯苓、柳亚子等一大批社会名流曾居住于此，蒋介石、周恩来、毛泽东先后来此拜会友人。经过多次修葺，目前，津南村大部分院落已做排危加固处理，修旧如旧，物尽其用。分别作为学生活动中心，张伯苓纪念馆、校史陈列馆，南开文化展示中心，退休教师活动中心，学生社团活动场所。
图书馆：重庆南开中学图书馆建于1936年，系当时美丰银行董事长、重庆名绅康心如（康宝忠）和他的兄长康心孚（康宝恕）兄弟二人捐资修建，定名为“忠恕图书馆”。忠恕图书馆有两层，系砖木结构，风格庄重简约，建筑面积1266平方米，后其外墙覆盖了藤蔓植物爬山虎，系重庆南开中学标志性建筑。1958年，更名为“红旗图书馆”。经过加固整修后，20世纪90年代后期以来，作学校行政办公楼。
运动场：南开中学运动场为建校初规划修建的标准400米跑道运动场地，总占地面积为20940平方米。运动场下沉十数米，周边修建有主席台、升旗台和看台，四周各有一株黄桷古树。运动场下修建有排水沟，排水效果极好，能满足学生体育课及召开运动会之需要。2004年，学校投入数百万元对运动场进行改造，铺设橡胶，使之成为现代化的标准运动场地。
水塔：重庆南开中学建校之初为了解决全校师生的用水问题，在清溪河边（现杨公桥附近）设提水房，并在学校东南角修建水塔。该水塔由青砖砌成，横截面正六边形，底部直径约6米，塔高约20米，为当时学校之最高建筑。生活用水自提水房升至塔顶，利用连通器原理可以顺利压流至学校各处场所。后来学校铺设自来水管网设施，水塔则闲置至今。该塔设计科学，外形俊朗，结构坚固，在校园内巍然屹立，被评为著名近现代建筑，是南开校友追寻老南开印迹的必到之处。